TramaDopo decenni di guerre e lotte intestine, i popoli della Terra decisero di creare un unico governo mondiale, noto come la Federazione degli Stati terrestri con l'incarico di mantenere la pace tramite la forza militare. Nel nome di ideali quali la pace e la giustizia, la Federazione assunse ben presto il controllo delle colonie spaziali orbitanti nei cinque punti di Lagrange. I coloni si batterono per la loro autonomia e scelsero un politico di nome Heero Yui affinché rappresentasse i loro diritti in seno al consesso delle nazioni della Terra. Il carisma di Yui seppe conquistare i popoli della Terra, che di buon grado accolsero il suo messaggio di smilitarizzazione totale e di non-violenza. Ma quando Yui venne assassinato nell'anno AC 175, le speranze delle colonie svanirono e gravi tumulti vennero scatenati dall'ira dei coloni. Con il pretesto di riportare l'ordine nelle colonie, la Federazione preparò un secondo intervento militare, utilizzando nuove macchine da guerra antropomorfe chiamate mobile suit per schiacciare ogni forma di resistenza. Le colonie passarono sotto la legge marziale, e venne proibito ogni tipo di cooperazione e comunicazione tra di esse. Perfino gli stati terrestri simpatizzanti della filosofia di Heero Yui, vennero intimiditi o spazzati via dagli eserciti federali. Dopo quasi vent'anni di oppressione nasce tra i coloni una rete di ribelli che decide di reagire alla Federazione. I nuclei di resistenza dei cinque gruppi di colonie spaziali lavorano indipendentemente ciascuno alla sua parte dell'Operazione Meteora che consiste nell'inviare sulla Terra cinque nuovi mobile suit chiamati Gundam (perché le loro corazze sono fatte di un materiale super resistente chiamato Gundanium) affidandoli a cinque giovani piloti altamente preparati e pieni di risorse, per avviare azioni di guerriglia contro la Federazione. Quattro piloti raggiungono la Terra senza incidenti, ma il pilota del Gundam "Ala di Fuoco", con il nome in codice di Heero Yui, viene intercettato da Zechs Merquise, colonnello ed asso degli Specials, il corpo speciale d'élite della Federazione. Messo alle strette Heero è costretto a far ammarare il proprio Gundam e raggiunge barcollando la riva. Il giovane è soccorso da Relena Darlian, figlia del Ministro degli Esteri della Federazione, che anziché ricevere ringraziamenti riesce ad ottenere una minaccia dal sinistro ragazzo: Heero le promette che la ucciderà pur di mantenere nascosta la sua identità e di completare la sua missione.
In poco tempo i Gundam mettono a segno numerosi attacchi all'esercito federale, che si rivela incapace di fermarli; preoccupati dalla forza inarrestabile di questi sconosciuti mobile suit, i generali della Federazione inviano il padre di Relena ad avviare i negoziati con i capi delle colonie spaziali. Tuttavia, Treize Khushrenada, il comandante degli Specials, è deciso ad ostacolare a tutti i costi questo trattato di pace, ed invia la sua fidata aiutante Lady Une a sabotare la missione diplomatica: il padre di Relena viene così eliminato. Il ministro con le sue ultime forze, rivela alla figlia la sua vera identità: lei è Relena Peacecraft, principessa di Sanc Kingdom, piccolo stato distrutto dalla Federazione venti anni prima. L'assassinio del Ministro Darlian non muta il giudizio dei generali della Federazione che stabiliscono di continuare a cercare un'intesa con le colonie. L'intero Stato Maggiore dell'esercito federale viene convocato per dibattere sulla questione, ma quando i Gundam attaccano il luogo dell'incontro, l'astuto Treize fa evacuare i generali a bordo di uno shuttle di OZ, facendone un obiettivo irresistibile.
Infatti i gruppi ribelli delle colonie sanno bene che la Federazione degli Stati terrestri è in realtà una marionetta nelle mani della Fondazione Romefeller, la potente lega industriale che sviluppa e produce i mobile suit. Gli Specials non sono altro che la mano armata della società segreta di OZ, sussidiaria della Romefeller. Su comando della Fondazione, OZ si è infiltrata ai più alti livelli militari della Federazione e gli attacchi dei Gundam avevano lo scopo ultimo di annientare tutti i seguaci e le basi di OZ.
Con i leader della Federazione morti, OZ si rivela e prende il potere con il suo vero volto, lanciando l'Operazione Alba. Le forze di OZ attaccano contemporaneamente la maggior parte delle basi militari della Federazione, che non avendo ordini dal comando centrale (annientato dai Gundam), non riescono ad organizzare un'adeguata resistenza e finiscono per essere sconfitte: OZ riesce così ad elimiare in un sol colpo l'esercito federale. Zechs Merquise, frattanto, attacca la base federale del Benelux, uccidendo il generale responsabile della morte del padre e della distruzione di Sanc Kingdom: Zechs, infatti, non è altri che Milliardo Peacecraft, fratello di Relena.
Episodi01 - Testimone della caduta di una Stella02 - Attacco a sorpresa03 - Cinque Gundam sulla Terra04 - Incubo alla base Vittoria05 - Il segreto di Relena06 - La sera della festa07 - Duplice inganno08 - Faccia a faccia09 - Ritratto di un paese in rovina10 - La resa11 - L'imboscata12 - Incertezze13 - Le lacrime di Catherine14 - La distruzione del Gundam15 - Battaglia in Antartide16 - Scontro di ideali17 - Nemici in patria18 - Nemici19 - Attacco alla piattaforma spaziale20 - Attacco alla Base Lunare21 - Lacrime tra le stelle22 - Battaglia per l'indipendenza23 - La cattura24 - Un inaspettato nemico25 - Un grido di rivolta26 - L'eterna fiamma della ribellione27 - Il valzer dei ricordi28 - Tempo di bilanci29 - L'altra metà del cielo30 - L'incontro con Relena31 - Il regno di cristallo32 - Prova ad alto rischio33 - Sotto la maschera34 - Una nuova prova35 - Nuove speranze36 - La decisione di Relena37 - Ideali di pace38 - L'incoronazione della regina39 - Il ritorno di Trowa40 - Un nuovo leader41 - Attacco alla piattaforma spaziale42 - Preparativi di guerra43 - Obiettivo: Il pianeta Terra44 - Formazione d'attacco45 - Verso la battaglia finale46 - Il rifiuto47 - Collisione nello spazio48 - Conto alla rovescia49 - La vittoria finale
