Yu-Gi-Oh! GX è uno spin-off del anime originale Yu-Gi-Oh! con un nuovo protagonista ed una nuova trama non basata sul manga originale, nonostante ciò ha mantenuto come filone centrale lo svolgimento del gioco di carte. La serie è principalmente incentrata sulla vita di studenti appartenenti ad una scuola di duelli più prestigiosa al mondo, chiamata Duel Academy e fondata da Seto Kaiba. Anime segue la storia di Jaden Yuki (Judai Yuki in Giappone), un giovane e dotato duellante che si presenta agli esami di ammissione dell'Accademia. Jaden, che si è imbattuto per caso nel "grande" Yugi, ha con sé "Kuriboh Alato", una carta che il suo idolo gli ha regalato e che gli permette di accedere all'accademia sconfiggendo un professore. La scuola si trova su un'isola e gli studenti sono divisi in tre dormitori contraddistinti da tre colori: blu, giallo e rosso. L'assegnazione a un dormitorio piuttosto che a un altro si basa sulla media dei voti. Dato che il ragazzo riceve un punteggio molto basso al test di ammissione scritto, viene piazzato nel dormitorio Slifer Rosso (Osiris Red nella versione originale) riservato agli studenti con i voti più bassi. Di episodio in episodio vedremo Jadel duellare e migliorare le sue capacità di gioco contro avversari di tutti i tipi. La sua presenza all'accademia è però mal vista da uno dei docenti, il dottor Crowler, da lui battuto nella prova pratica degli esami d'ammissione. Crowler cerca in tutti i modi di espellere Jaden con l'aiuto di alleati sempre diversi fra i quali spicca Chazz, uno studente molto snob. Un giorno il cancelliere Sheppard convoca Crowler, Banner, Jaden e gli altri studenti per informarli di un incombente pericolo: sette duellanti, conosciuti col nome di "shadow riders", stanno per attaccare l'accademia per impossessarsi di tre carte potentissime (le carte delle bestie sacre) custodite in un luogo sicuro sottoterra. Per farlo devono prima conquistare in duello le sette chiavi dei sette cancelli che le proteggono dai malintenzionati: se dovessero mettere le mani sulle tre carte, per il mondo sarebbe la fine. A Jaden e agli studenti dell'accademia viene affidata una chiave ciascuno, col compito di custodirla dai malefici "shadow riders"...
